Ana karakter Atilla Polat ‘ın Kurtlar Vadisi Pusu’daki hedefi Türkiye’nin de üzerinde bulunduğu Avrasya coğrafyasına hâkim olmak isteyen uluslararası güçlerin oluşturduğu ve dünyanın en zengin ailelerinin idaresindeki “Küresel Çete”dir.Polat Alemdar en yakın arkadaşı Süleyman Çakır’dan kalan adamlarıyla birlikte yine bir göreve girerler.Dizi, yardım sever ve dürüst bir işadamı olan Çağrı Toros’a yapılan bir suikastla başlar. Olayı bir terör örgütü üstlenmiş ve eylemin tetikçileri yakalanmış olsa da Polat Alemdar, suikastın arkasında açıklananlardan başka nedenler ve güçler olduğuna inanmaktadır. Polat, daha önce Türkiye’yi yıllardır etkileyen terörün üstüne gitmeye çalışmış ancak bir kısım güçler Polat Alemdar ve ekibini bu davadan alıkoymuşlardır. Çağrı Toros cinayeti ile Polat, artık terörün arkasındaki güçlerle faili meçhullerin sebep ve sonuçlarıyla, yani çağın en önemli silahı olan “para”yla savaşacaktır. Adım adım delillere ulaşmaya çalışan Polat, Toros Ailesi’yle doğrudan temas kurmaya çalışır.Polat Alemdar ve ekibinin yolu dizinin ilerleyen bölümlerinde küresel çetenin güdümündeki terörle tekrar kesişir. Polat alemdar dizinin 30. bölümüne kadar tekrar mafyaların türemesini engellemek, devletin güvenliğini sağlamak gibi işlerle uğraşırken 30. bölümde “ihtiyarlar” adı verilen gizli bir oluşum tarafından görevlendirilmiş, kırmızı kitabı okumuş ve Türkiye’yi bir süper güç yapma görevini üstlenmiştir. Bu doğrultuda yoluna çıkan ilk engel eski bir devlet görevlisi olan ama sürgüne gönderilen İskender Büyük’tür. Büyük, Kare As’lara iş birliği teklif etmiş, bunu kabul etmeyen Davut Tataroğlu’nu öldürmeye karar vermiştir. Dizide İskender Büyük’ün asıl amacı Türkiye’nin başına geçmektir.Polat Alemdar’ın bir diğer düşmanı bölücü örgüt üyesi olan Muro’dur. Muro diziye dahil olduğu ilk bölümlerde acımasız ve gaddar bir teröristken senaristler ilerleyen bölümlerde onu sempatik ve örgütten soğumuş bir sosyalist rolünü üstlenir.Muro en yakın arkadaşı Çetoyla dizinin 65.bölümünde diziye ve hayata veda etmiştir.Polat Alemdar, Aron Feller’in başında oldugu gladio yapılanmasını çözmeye çalışırken 70. Bölüm’de 5. Adam zannettiği Ercüment Duru’yu öldürmüştür. İlerleyen bölümlerde 5.Adam Yalçın Yıldız kendini açık etmiş ve Davut tataroğlu,Yalçın Bulut’a Yıldız’ı öldürme emri vermiş ve anlaşmıştır. Bunun karşılıgında İhtiyarlar Heyeti Mahremi’nin yerini Gladio’ya söylemiştir.